Η Μαριάνθη Φραγκοπούλου αποφοίτησε από το τμήμα Φυσικής του ΑΠΘ, πριν συνεχίσει τις σπουδές της σε μεταπτυχιακό και διδακτορικό επίπεδο στο ίδιο πανεπιστήμιο.